El 16 de enero de 1817, mediante una solemne ceremonia, se colocó la primera piedra del Fuerte de San Fernando sobre la punta de Yarey junto a la Bahía de Gibara, ahora conocido como Batería de Fernando VII, que le dio origen al poblado, amparado en la seguridad que esta obra defensiva comenzó a inspirar en sus habitantes. Esa fecha ha sido considerada siempre como la de fundación del poblado, que luego evolucionó hasta convertirse en villa y actualmente en ciudad cabecera del municipio.
Francisco de Zayas y Armijo, Teniente gobernador de Holguín; criollo santiaguero, fue el principal promotor de esta obra.
Algunos estudiosos aseguran que fue por Gibara por donde el 28 de octubre de 1492 arribó Cristóbal Colón a la mayor de Las Antillas. Al ingeniero Luis Morales y Pedroso se debe tal estudio, que fue dado por cierto por la Sociedad Geográfica de Cuba, aunque lo generalmente aceptado es que fue por Bariay, una bahía muy cercana.
En su diario de navegación está escrito que Colón permaneció con sus naves durante 12 días por esta zona, bautizándola como Río de Mares, e hizo contacto con los pobladores nativos, remontando el Río Cacoyuguin en busca de deidades aborígenes.
Durante el trayecto dio nombre a la mayor elevación, ahora conocida como Silla de Gibara, por su parecido a la pieza de montar caballos, y a la Loma de la Mezquita, por su semejanza con la Peña de los Enamorados, de Andalucía.
En el año 1783 el cabildo de la ciudad de Holguín ante la necesidad de proteger las embarcaciones que transportaban las mercancías a la zona de los ataques y saqueos de los corsarios y piratas ordenó la construcción de la Batería de Fernando VII obra que se inició en el año 1804. Se escogió el lugar conocido como Punta de Yarey, sobre un promontorio que se adentra en la dársena de la bahía.
El Comercio por Gibara en la época colonial, jugó un importante papel en la actividad comercial de la costa Norte Oriental de Cuba en la época colonial, debido a su puerto marítimo, relativamente cercano a Europa, y de buenas condiciones para el resguardo de los buques, al contar con la fortaleza militar Batería de Fernando VII que protegía la entrada de la bahía , y una rica zona de productores agrícolas en su jurisdicción , lo que influyó notablemente en el desarrollo comercial y social del territorio.
Al amparo de esta fortificación la comarca comenzó a poblarse, sobre todo, con inmigrantes canarios, luego holguineros y bayameses también se trasladaron hacia aquellas costas, tras su desarrollo comercial, así nació la Villa de Gibara.
Posteriormente fue creciendo y la necesidad de proteger su patrimonio la convirtió en la segunda ciudad amurallada de la Isla. Todavía hoy sobreviven partes del muro, los fortines, y las ruinas del Cuartelón, exponentes del sistema defensivo colonial.
En el aspecto político, merecen ser resaltados la visita de Antonio Maceo a bordo del vapor Manuelita, realizada con fines conspirativos y el alzamiento de los hermanos Sartorio en Purnio, los que fueron acompañados por numerosos vecinos de Velasco y otras zonas cercanas. Iniciada la guerra de 1895, muchos gibareños respondieron al llamado de la patria.
Desde Gibara salió durante algún tiempo el papel que se utilizó en la manigua para imprimir el periódico "El Cubano Libre" y los campos de la jurisdicción fueron recorridos nuevamente por connotados jefes mambises como Máximo Gómez, Antonio Maceo y Calixto García, pudiendo destacarse en esta ocasión la toma de caseríos como Yabazón ejecutada por tropas de Antonio Maceo y los incendios de Velasco y Candelaria por las fuerzas de Calixto García, así como la acción de Loma de Hierro, lugar donde tronó por primera vez con éxito el cañón mambí en esta contienda.
El 25 de julio de 1898 se produjo la entrada triunfal de los mambises en La Villa de Gibara, y durante los días 16, 17 y 18 de agosto, en los alrededores de Auras, se desarrollaron los últimos combates contra el dominio español en Cuba y en América
La lucha contra el dictador Gerardo Machado Morales encontró amplio eco en Gibara cuando el 17 de agosto de 1931 una tropa de revolucionarios encabezados por Emilio Laurent desembarcó en la ciudad y la tomó.
Un nutrido grupo de gibareños se sumó a Laurent y contra ellos el gobierno machadista empleó todos sus recursos, atacando simultáneamente a la población por aire, mar y tierra hasta ahogar en sangre esta acción revolucionaria.
Estos sucesos confirieron a Gibara la triste primacía de ser la primera población de Cuba que fue atacada simultáneamente por efectivos del Ejército de tierra, de la Aviación y de la Marina de Guerra.
En 1947 una huelga estudiantil cobró fuerza suficiente para lograr que toda la población se solidarizara con sus justas demandas: el establecimiento de una escuela superior y la construcción de una carretera que uniera a Gibara con Holguín.
Para la década de 1950 la situación se había hecho casi insostenible. Una encuesta desarrollada por la Iglesia Católica en el segundo lustro de esta década dejaba ver el lúgubre panorama de pobreza y desempleo reinante en el territorio gibareño.
Pero en esta década surgirían nuevas esperanzas: el 4 de diciembre de 1955 se fundó en la ciudad una célula del Movimiento 26 de Julio para encauzar la lucha contra la tiranía de Batista.
En abril de 1956 Frank País visitó Gibara en labores conspirativas, diseñándose en esta oportunidad los brazaletes distintivos del Movimiento.
En 1957 los primeros escopeteros comenzaron a actuar en la Sierra de Candelaria y en octubre de 1958 se estableció en la misma una capitanía del IV Frente Oriental Simón Bolívar, cuyos integrantes mantuvieron en jaque a las fuerzas de la tiranía en todo el municipio, llegando a atacar a la propia ciudad de Gibara el 29 de diciembre de 1958, poco antes de la alborada del Primero de Enero que marcaría profundos cambios para la vida de los gibareños y del pueblo cubano en general.
Hoy,la Casona de Santa María (Auras) es la única Casa Señorial del Ingenio Azucarero del siglo XIX que aún se mantiene en pie en toda la provincia de Holguín. Su estado de conservación, a pesar del paso de los años, es bastante bueno, siendo una de las huellas arquitectónicas conservada en el tiempo.